Для реализации инвестиционной программы развития ж/д транспорта Правительством РФ принято решение о проведении дополнительной индексации тарифов на грузовые ж/д перевозки: с 1 июля 2008 года Федеральная служба по тарифам повысила тарифы на ж/д грузоперевозки в среднем на 8%. В целях сближения тарифов в различных видах сообщения решено провести дифференцированную индексацию: тарифы на перевозки грузов через пограничные станции, определяемые по ставкам и правилам раздела 3 Прейскуранта № 10-01 сохранены на уровне действующих, при индексации тарифов раздела 2 Прейскуранта № 10-01 на 10% (перевозки во внутрироссийском сообщении, через российские порты, а также перевозки унифицированных грузов через пограничные передаточные станции). На 8% проиндексированы действующие ставки платы за пользование вагонами и контейнерами, и ставки сборов за дополнительные операции, связанные с перевозкой грузов на ж/д транспорте. Для обеспечения конкурентоспособности российской транспортной системы при перевозках автокомлектующих для сборки легковых автомобилей в контейнерах через дальневосточные порты установлены исключительные тарифы.
В 2008 году состоялось уже третье повышение тарифов: с 1 января тарифы были проиндексированы на 11%, с 1 апреля - еще на 1% для финансирования строительства объектов к Олимпиаде 2014 года в Сочи. В среднем за 2008 год повышение тарифов на грузовые перевозки составит 16,3% вместо запланированных 11%. По прогнозам ФСТ, с 1 января 2009 года тарифы вырастут еще на 12,5-14%.
Ранее темпы роста тарифов на ж/д перевозки значительно отставали от индекса цен производителей промышленной продукции, что только, по данным ФСТ, за период с 2003 по 2007 год обусловило снижение уровня транспортной составляющей в цене промышленной продукции в среднем с 18,2% до 13,4%.
По мнению специалистов «INFOLine», индексация тарифов на ж/д грузоперевозки позволит ОАО «Российские железные дороги» в 2010-2011 годах инвестировать дополнительно около 120 млрд. рублей в развитие и обустройство инфраструктуры ж/д транспорта, что приведет к повышению эффективности экономики за счет снижения транспортных издержек. При этом установление исключительных тарифов может способствовать привлечению в российскую транспортную систему дополнительных объёмов перевозок грузов в контейнерах.
При этом специалисты ИA «INFOLine» считают одним из негативных эффектов повышения тарифов станет подорожание перевозок нефтепродуктов, которое на наиболее загруженных маршрутах в европейской части России составит 120-200 рублей за тонну, добавленные к стоимости моторного топлива. Таким образом, в РФ одновременно растут цены на газ, электроэнергию, ж/д перевозки и моторное топливо, что в среднесрочной перспективе будет способствовать инфляции издержек в промышленности и росту потребительских цен